Les mécanismes fondamentaux de Button Defense Clicker sont intuitifs, mais la maîtrise nécessite une compréhension nuancée de l'allocation des ressources et du timing. Au début de chaque partie, les joueurs se voient présenter un seul bouton central. L'action principale consiste à cliquer sur ce bouton de manière répétée pour accumuler des points — la monnaie universelle utilisée pour toutes les améliorations et achats. Chaque clic génère une quantité de base de points, et le rythme de génération de points peut être augmenté grâce à des améliorations ultérieures. Cette phase initiale établit le rythme de base : cliquer, gagner des points et se préparer à la première attaque ennemie.

Une fois suffisamment de points accumulés, les joueurs peuvent accéder à une interface d'amélioration. Ici, ils peuvent investir dans plusieurs catégories. Premièrement, des améliorations du noyau central lui-même augmentent sa durabilité et ses points de vie, lui permettant de résister à plus de coups ennemis avant de céder. Deuxièmement, des structures défensives — telles que des tourelles automatisées, des barrières ou des armes à effet de zone — peuvent être achetées et améliorées. Ces défenses agissent passivement, attaquant les ennemis qui s'approchent du noyau. Troisièmement, des armes spéciales et des compétences actives deviennent disponibles au fur et à mesure que le jeu progresse. Celles-ci peuvent inclure des frappes puissantes sur cible unique, des boucliers temporaires ou des capacités de nettoyage d'écran qui peuvent renverser la vapeur lors de vagues écrasantes.

Les vagues ennemies arrivent avec une difficulté croissante. Les premières vagues peuvent comporter des ennemis lents et faibles, mais les tours suivants introduisent des ennemis plus rapides, plus nombreux et plus résistants. Certains ennemis peuvent avoir des propriétés spéciales, comme ignorer certaines défenses ou se diviser en menaces plus petites après avoir été vaincus. Les joueurs doivent adapter leur stratégie d'amélioration en conséquence. Le jeu encourage une approche équilibrée : investir trop lourdement dans l'attaque rend le noyau vulnérable, tandis que négliger les améliorations offensives permet aux ennemis de s'accumuler et de submerger les défenses.

Un aspect crucial du gameplay est le timing des compétences actives. De nombreuses capacités ont des temps de recharge et des utilisations limitées par vague. Utiliser une bombe de nettoyage d'écran trop tôt peut laisser le joueur sans défense plus tard dans la vague. À l'inverse, la garder pour le dernier moment risque de se faire submerger avant de pouvoir l'utiliser. Le joueur doit également décider quand arrêter de cliquer et se concentrer sur la gestion des améliorations entre les vagues. L'efficacité des clics — en utilisant des entrées rapides et constantes — influence directement la rapidité avec laquelle on peut se permettre des améliorations critiques. Pour les joueurs expérimentés, apprendre les schémas de clics optimaux et les séquences d'amélioration fait partie du défi.

Le jeu propose également un mécanisme de prestige ou de réinitialisation courant dans les jeux de clics, permettant aux joueurs de recommencer avec des bonus permanents qui accélèrent les parties futures. Cela ajoute une couche de progression à long terme et de rejouabilité, chaque partie s'appuyant sur les réalisations précédentes.